Untuk mempermudah pengaturan manajemen proyek penelitian dengan topik yang bermacam-macam, LPEM FEBUI memiliki enam grup penelitian dimana setiap grupnya memiliki tanggung jawab untuk mengadakan proyek-proyek penelitian berdasarkan spesialisasi masing-masing. Setiap grup penelitian ini dipimpin oleh satu peneliti senior. Keenam grup tersebut adalah sebagai berikut:
- Grup Penelitian Ekonomi Regional dan Kebijakan Sumber Daya Energi
- Grup Penelitian Kebijakan Makroekonomi dan Ekonomi Politik
- Grup Penelitian Ekonomi Lingkungan
- Grup Penelitian Ekonomi Digital dan Perilaku Ekonomi
- Grup Penelitian Iklim Usaha dan Rantai Nilai Global
- Grup Penelitian Pemberdayaan Sosial dan Masyarakat
- Grup Penelitian Perlindungan Sosial dan Tenaga Kerja