Untuk memfasilitasi pengelolaan proyek penelitian dengan berbagai topik, LPEM FEB UI memiliki sembilan kelompok penelitian:
- Kelompok Keilmuan Kajian Sumber Daya Alam dan Energi (NRES)
- Kelompok Kajian Makro, Keuangan, dan Ekonomi Politik (MFPE)
- Kelompok Penelitian Studi Lingkungan dan Perubahan Iklim (ECCS)
- Kelompok Keilmuan Transformasi Digital dan Kajian Perilaku (DTBS)
- Kelompok Penelitian Iklim Bisnis dan Rantai Nilai Global (BC-GLOVE)
- Kelompok Penelitian Rekayasa Sosial dan Pengembangan Masyarakat (SECE)
- Kelompok Kajian Perlindungan Sosial dan Ketenagakerjaan (SPL)
- Kelompok Kajian Keuangan Publik dan Perencanaan Pembangunan (DEVPFIN)
- Kelompok Kajian Gender dan Inklusi Ekonomi-Sosial (GENESIS)
- Kelompok Keilmuan Transportasi, Real Estate, dan Kajian Perkotaan (TRUST)
Setiap kelompok penelitian yang dipimpin oleh seorang peneliti senior mempunyai tanggung jawab untuk melaksanakan proyek penelitian berdasarkan spesialisasinya masing-masing.